تتبع حديقة الحيوانات بالعين أعلى مستويات الحماية والرعاية البيطرية لمجموعاتها الحيوانية حفاظاً منها على التنوع البيولوجي وصون الطبيعة في مختلف جوانبه ومتطلباته.ومن ضمن الخدمات الصحية الأساسية والجهود التي تمارسها الحديقة بشكل دوري؛ تطعيم الحيوانات وفق برنامج علمي مدروس لحمايتها من الأمراض المعدية والمحافظة على صحتها وسلامتها وبالتالي الحفاظ على الثروة الحيوانية التي تمتلكها.
ولذلك تعمل الفرق البيطرية بالحديقة على تقديم جملة من الخدمات الطبية البيطرية؛ من ضمنها برامج الوقاية للحيوانات والحافظ على صحتها العامة وفق أعلى المعايير العالمية.ويتم سنوياً تطعيم مجموعة الحيوانات حيث تُعطى اللقاحات وفق برامج وقائية سنوية ، ويتم فحص الحيوان وسحب عينة من دمه لإرسالها إلى المختبر و التأكد من سلامته وجمع عينات الدم أثناء التطعيم كجزء من برامج مراقبة الأمراض المعدية. بالإضافة للفيتامينات التي تساعد في الحفاظ على صحة الحيوانات بشكل عام.